Шавлинские озёра — популярный туристический объект, цель пешеходных и конных маршрутов, организуемых туристическими компаниями Горно-Алтайска, Бийска, Барнаула и других городов. Отправной точкой маршрута традиционно является посёлок Чибит, расположенный на Чуйском тракте. Отсюда тропа сперва поднимается на плато Ештыкол, затем спускается в долину реки Шавлы. Дальнейший подъём идёт по правому берегу реки Шавлы к Нижнему Шавлинскому озеру. Общая протяжённость маршрута (туда и обратно) составляет около 70 километров. Участок тропы к верхнему озеру для лошадей непроходим, поэтому в составе конных туров часто устраиваются однодневные радиальные выходы на верхнее озеро, базовый лагерь традиционно организуется на нижнем.

Природа Шавлинских озёр традиционна для этого региона. На открытых пространствах лес отсутствует или редок, преобладает лиственница, местами встречается кедр. В защищённых горами котловинах (включая восточный берег Нижнего Шавлинского озера) лес густой, с богатым подлеском, встречаются черника и брусника.

Шавлинские озёра часто посещаются туристами и в составе более сложных туристических маршрутов. Вдоль левого притока Шавлы тропа ведёт на перевал Куранду, в долину реки Куранду, правого притока Юнгура. От верхнего озера тропа ведёт через перевал к подножью горы Маашей и истокам ручья Маашей, впадающего в Чую. Верхнее озеро лежит у подножья главной гряды Северо-Чуйского хребта с вершинами Мечта, Сказка и Красавица (высота до 3700 метров), каждая из которых имеет постоянное оледенение и достаточно сложна для восхождения.