Название нижнему течению реки Каменка дали финно-угорские племена. Когда туда пришли славяне, это название осталось за поселением – Кидекша.

Как утверждает легенда, когда-то здесь был стан войска Бориса и Глеба, позднее канонизированных церковью и признанных святыми. Как пишет «Степенная книга»: «на реце на Нерли в Кидекши близь города Сужьдали… бысть совокупное святых мученик становище, егда в Киев хожаху Борис от Ростова, Глеб от Мурома». Посему и церковь, которую здесь распорядился соорудить Юрий Долгорукий, была посвящена им же. Кидешма была княжеским городком Юрия Долгорукого, недавно взошедшего на княжеский престол в Ростове. Князь опасался ростовких бояр и хотел обособиться от них, посему перенес свою резиденцию в Кидешму – близ Суздаля. Кроме того крепость имела стратегическое значение – князь мог контролировать речные перевозки по Нерле на Суздаль. В конце XII-начале XIII века Кидешма была важным форпостом, окруженным земляными валами (их остатки сохранились доныне), но после смерти Юрия Долгорукого, его сын Владимир Боголюбский перенес столицу княжества во Владимир, и как водится, построил свой двор вблизи столицы. А Кидешму в середине XIII века сожгли татаро-монголы и с тех пор город очень долгое время не восстанавливался. Во всяком случае, век спустя на этом месте находился только монастырь.

В XVI-XVII веках разоренный храм Бориса и Глеба починили, значительно упростив архитектурный ансамбль. Тем не менее, и в таком виде храм впечатляет туристов. В 1947 году там были обнаружены части фресковой росписи. Автор ее неизвестен, как и точное время ее нанесения. Полагают, что это примерно XII век.

Недалеко от храма Бориса и Глеба расположена значительно позже возведенная (конец XVIII века) церковь Стефана, а также шатровая колокольня. Любопытно, что хотя строились все три здания в разное время с интервалом в несколько сотен лет, они составляют единый архитектурный ансамбль.